Сериал "Шестая зона" переносит нас в 2013 год, в утопический город, известный как Зона №6. Здесь, если в детстве тебе присвоен высокий уровень интеллекта, ты можешь претендовать на жизнь в роскошном районе Кронос. Главный герой, Сион, именно такой счастливчик, но его мир переворачивается в день двенадцатилетия.
В свой день рождения Сион встречает Нэзуми, загадочного парня, который сбежал из тюрьмы. Решив помочь Нэзуми, Сион нарушает закон этого идеального общества. В наказание Бюро общественной безопасности лишает его всех привилегий и изгоняет из Кроноса в так называемый «Потерянный город», место, где живут те, кто не соответствует стандартам Зоны №6.
Проходит четыре года, и теперь уже повзрослевший Сион оказывается втянутым в таинственное происшествие. Это событие заставляет его копнуть глубже и раскрыть секреты, скрытые в самом сердце Шестой зоны, места, которое казалось ему идеальным, но оказалось куда сложнее и мрачнее, чем он мог себе представить.